Ve Středisku ibero-amerických studií při FFUK je možno studovat navazující magisterský a doktorský studijní program. Ke studiu může být přijat uchazeč/ka, který/á úspěšně ukončil/la bakalářské studium. Značnou výhodou je přirozeně studium společenskovědních oborů (hispanistika, portugalistika, světové dějiny, etnografie apod.), aniž by tento fakt vylučoval zájemce oborů jiných. Do magisterského studijního programu je každoročně přijímáno 10–15 studentů.