Vědecká práce Střediska vychází z pedagogických potřeb pracoviště, jeho dlouhodobého tematického zaměření a ze znalosti trendů, které se prosazují v ibero-amerických studiích v mezinárodním měřítku. Středisko ibero-amerických studií se v minulosti zaměřovalo na studium vztahů české společnosti a hispánského světa. Předmětem tohoto tradičního zájmu byly především kulturní vztahy českých zemí a španělského světa v 16. a na počátku 17. století, dále pak kontakty nesené jezuitskými misionáři a nakonec problematika spjatá s Tadeášem Haenkem. Ve všech těchto oblastech pokračují v současnosti pracovníci Střediska v dalším výzkumu. Kromě toho se ovšem věnují i dříve méně sledovaným tématům, jako je obraz hispánského světa v dílech českých cestovatelů 19. a 20. století.
S výše nastíněným okruhem předmětů zájmu souvisí dále studium problematiky migrací, přičemž dnešní bádání sleduje především témata spjatá s problematikou inkorporace emigrantů do většinových společností, přijímání či odmítání jejich kultury, pronikání do sociálních sítí atd.
Druhým velkým tradičním okruhem studia je geografická oblast Karibských ostrovů. České kubánské studie provozované na Středisku ibero-amerických studií zůstaly i po změnách konce osmdesátých let uznávanou součástí mezinárodního bádání.
Pracovníci Střediska se účastní v rámci mezinárodní pracovní skupiny Historie španělsky mluvících zemí karibské oblasti Asociace evropských historiků iberoamerikanistů výzkumu problematiky regionu, jenž je také součástí projektu španělského ministerstva vědy a technologie, na kterém se Středisko aktivně podílí. Podílelo se i na 6. rámcovém programu EU „CLIOHRES.net“ (2005-2010), excelentní badatelské sítě, jež umožnila zasadit výzkum latinskoamerické problematiky do širšího kontextu aktuálního historického bádání, a dále se účastní programu European Network in Universal and Global History. Kromě individuálních grantů vlastních pracovníků se SIAS doposud účastnilo na dvou posledních velkých projektech výzkumných záměrů na FF UK a spolu s dalšími historickými pracovišti Filosofické fakulty podalo návrh na vnitrofakultní výzkumný záměr.
Středisko seznamuje mezinárodní odbornou veřejnost se svojí činností v odborném časopise Ibero-Americana Pragensia, jenž vycházel od roku 1967 do roku 2016 jako ročenka. IAP vychází zejména ve španělském, ale také anglickém či portugalském jazyce. Suplementa přinášejí jak texty přednesené na symposiích pořádaných Střediskem, tak práce pracovníků Střediska či jeho spolupracovníků (např. habilitační práce Markéty Křížové či práce Bohumila Baďury o španělsko-českých vztazích). Časopis i její suplementa dosáhla postavení mezinárodně uznávané instituce, v níž své prestižní práce, recenzované v předních iberoamerikanistických časopisech, publikují i zahraniční odborníci.